Phương diện an toàn của Yaris Cross tỏ ra vượt trội khi đặt cạnh Seltos và Creta nhờ gói Toyota Safety Sense trên tất cả các phiên bản. Nó bao gồm cảnh báo tiền va chạm, kiểm soát hành trình chủ động, cảnh báo chệch làn và hỗ trợ giữ làn đường, đèn pha tự động thích ứng, cảnh báo điểm mù và phương tiện cắt ngang phía sau, cảnh báo phương tiện phía trước khởi hành và kiểm soát vận hành chân ga (chống tăng tốc ngoài ý muốn).